第二集中，尼奥没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史
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一个bug和一个流氓软件打来打去，打来打去和打来打去
——豆瓣影评：把渣害
见过太多的才子，才发现都是膜拜的傻子。到底有多少的电影有你的影子。
——豆瓣影评：Mr.5
严重被低估的好片。我走到哪里都为它叫好平反。
——豆瓣影评：曹春花袭人
《黑客帝国1》还比较容易看懂，《黑客帝国2》《黑客帝国3》就很深奥了。造物主（Architect）负责维持母体的平衡，先知则负责引导母体中的人们觉醒。两个人的共同作用下，母体中的人类社会稳定进化，机器人也从中吸取经验。这也是机器人“种植”人类的终极目的，并不仅仅是用人类发电，更是为了学习人类，从而实现进化。锡安之所以存在，也是机器人故意让它存在。机器人无法避免母体出现bug（也就是有人觉... 《黑客帝国1》还比较容易看懂，《黑客帝国2》《黑客帝国3》就很深奥了。造物主（Architect）负责维持母体的平衡，先知则负责引导母体中的人们觉醒。两个人的共同作用下，母体中的人类社会稳定进化，机器人也从中吸取经验。这也是机器人“种植”人类的终极目的，并不仅仅是用人类发电，更是为了学习人类，从而实现进化。锡安之所以存在，也是机器人故意让它存在。机器人无法避免母体出现bug（也就是有人觉醒），所以就等他们觉醒、等他们组建反抗军。机器人每隔一段时间就来一次大清洗，把反抗军歼灭，然后再把母体重启。这种大清洗已经进行过5次了，这是第6次了。前5次的结局都是反抗军全军覆没，母体重启，而尼奥的出现让世界首次出现了不同的结局——和平。人类和机器人互利共生，共同进化。但是这种和平又能维持多久呢？
——豆瓣影评：朝暮雪
在《黑客1》的结尾所说的那个“无限可能的世界”无疑给了我们最美好的憧憬，但是在《黑客3》中，尼奥的死亡却达到了弥赛亚主义的最高潮，虽然“上帝之国”依然没有得到建立，虽然最后的平衡只是暂时的，但是《黑客帝国》依然给我们留下了一个大同世界的梦。
——豆瓣影评：Lan~die
